Աշոտ ԱղասուՄելքոնյանը ծնվել է 1961 թ. փետրվարի 16-ին Ջավախքի Ախալքալաք քաղաքում։ 1977 թ. ոսկե մեդալով ավարտել է Ախալքալաքի Դ. Դեմիրճյանի անվան թիվ 4 հայկական միջնակարգ դպրոցը։ Նույն թվականին ընդունվել և 1982 թ. գերազանցությամբ ավարտել է Երևանի պետական համալսարանի պատմության ֆակուլտետը։1982-1985 թթ. եղել է նույն համալսարանի Հայոց պատմության ամբիոնի ասպիրանտ։ 1986 թ. աշխատանքի է անցել ՀՀ ԳԱԱ պատմության ինստիտուտում որպես լաբորանտ, ապա գիտաշխատող, գիտական քարտուղար և գիտական հարցերի գծով փոխտնօրեն։
1989 թ. պաշտպանել է թեկնածուական ատենախոսություն «Արևմտյան Հայաստանի Էրզրումի նահանգի հայ ազգաբնակչությունը 19-րդ դարի առաջին երեսնամյակին» թեմայով։
2002 թ. ապրիլի 26-ին պաշտպանել է դոկտորական ատենախոսություն՝ «Ջավախքը 19-րդ դարում և 20-րդ դարի առաջին քառորդին» թեմայով։ Նույն թ. նշանակվել է (մրցույթով ընտրված) ՀՀ ԳԱԱ պատմության ինստիտուտի տնօրեն։ Նրա շնորհիվ սոցիալ-տնտեսական աննպաստ պայմաններում հնարավոր եղավ պահպանել ինստիտուտի գիտական ներուժը, ստեղծել աշխատանքային բարենպաստ միջավայր։ Ա. Մելքոնյանը ՀՀ ԳԱԱ պատմության ինստիտուտի տնօրենի պաշտոնում նույն ընտրական համակարգով վերընտրվել է 2007 և 2013 թթ.։ Նրա ղեկավարության տարիներին ինստիտուտն արձանագրել է լուրջ ձեռքբերումներ, ակտիվացել է համագործակցությունն ինչպես սփյուռքի մեր հայրենակիցների, այնպես էլ արտասահմանյան գիտական շրջանակների հետ։
Ա. Մելքոնյանը ՀՀ ԳԱԱ պատմության ինստիտուտի գիտական և ինստիտուտում գործող ՀՀ ԲՈՀ-ի Հայոց պատմության 004 մասնագիտական խորհրդի նախագահն է, անդամակցում է ՀՀ ԳԱԱ Արևելագիտության ինստիտուտի, ԵՊՀ պատմության ֆակուլտետի, Երևան քաղաքի պատմության թանգարանի գիտխորհուրդներին։ Նա ՀՀ ԳԱԱ պատմության ինստիտուտի «Հայոց պատմության հարցեր» գիտական հոդվածների ժողովածուի խմբագրական խորհրդի նախագահն է, ինչպես նաև` «Պատմաբանասիրական հանդես», «Լրաբեր հասարակական գիտությունների», «Բանբեր հայագիտության», «Կանթեղ», «Բանբեր Հայաստանի արխիվների», «Вестник гуманитарных и юридических наук» (Северо-Кавказский федеральный университет (Ставрополь)) գիտական հանդեսների խմբագրակազմերի անդամ։
Գիտական գործունեությունը Ա. Մելքոնյանը զուգակցում է մանկավարժական գործունեության հետ. Դասախոսում է ԵՊՀ-ում, ՀՀ ԳԱԱ ԳԿՄԿ մագիստրատուրայում։
2004 թ. ստացել է պրոֆեսորի գիտական կոչում, իսկ 2006 թ. ընտրվել է ՀՀ ԳԱԱ թղթակից անդամ։
2004 թ. հունիսից մինչև 2006 թ. դեկտեմբեր ամիսը համատեղության կարգով զբաղեցրել է Մ. Հերացու անվան բժշկական համալսարանի հասարակական գիտությունների ամբիոնի վարիչի պաշտոնը։
Ա. Մելքոնյանի գիտական հետաքրքրությունների շրջանակի մեջ են Արևմտյան Հայաստանի, Հայկական հարցի, Հայոց ցեղասպանության, պետականության, Ջավախքի պատմության, հայ-վրացական հարաբերությունների, Հայաստանի պատմության ժողովրդագրության հիմնահարցերը։ Նա շուրջ 16 գրքի և ավելի քան 400 գիտական հոդվածի հեղինակ է։ Նա նաև խմբագրել է գիտական մի շարք աշխատություններ, դրանով իսկ լուրջ ներդրում կատարելով պատմական գիտության զարգացման գործում Հայաստանում։
Ա. Մելքոնյանի գիտական գործունեությանը բնորոշ են պատասխանատվության բարձր զգացումը և աշխատասիրությունը։
Ա. Մելքոնյանը գիտաքաղաքական կարևորագույն նշանակություն ունեցող Հայաստանի նահանգների վարչատարածքային և ժողովրդագրական գործընթացների ուսումնասիրության նախաձեռնողներից է։ Այդ նպատակով նրա ղեկավարությամբ ՀՀ ԳԱԱ պատմության ինստիտուտում գործել է թեմատիկ խումբ։
Պատմական ժողովրդագրությունը Ա. Մելքոնյանի ուսումնասիրության հիմնաքարն է, և այդ ասպարեզում ոչ մի մասնագետ անտարբեր չի կարող անցնել նրա աշխատությունների կողքով։
Նրա «Էրզրում. Էրզրումի նահանգի հայ ազգաբնակչությունը 19-րդ դարի առաջին երեսնամյակին» մենագրությունը (Երևան, 1994 թ.) և Արևմտյան Հայաստանի գավառներին ու բնակավայրերին նվիրված մոտ 30 հոդվածներն արժանացել են «Հայաստան» համահայկական հիմնադրամի գլխավոր մրցանակին, իսկ «Ջավախքը 19-րդ դարում և 20-րդ դարի առաջին քառորդին» աշխատությունը (Երևան, 2003 թ.)՝ Գուրգեն Մելիքյանի՝ «Քաշաթաղի բազմազավակ ընտանիքներին» բարեգործական հիմնադրամի դրամաշնորհին և Թեքեյան մշակութային միության «Հայկաշեն Ուզունյան» մրցանակին։
Ա. Մելքոնյանը գիտական վաստակով, գիտակազմակերպչական, հասարակական-քաղաքական եռանդուն գործունեությամբ մեծ ճանաչում է ձեռք բերել ոչ միայն Հայաստանում, այլև սփյուռքի հասարակայնության և արտասահմանի հայագիտական լայն շրջաններում։ Նա զեկուցումներով մասնակցել է միջազգային բազմաթիվ գիտաժողովների, դասախոսություններով և ելույթներով հանդես է եկել երեք տասնյակից ավելի երկրներում ինչպես հայ, այնպես էլ օտարազգի լսարանների առջև։ 1997, 2000, 2001 և 2006 թթ. ուխտագնացություն է կատարել Արևմտյան Հայաստան։
Զգալի է նրա ներդրումը երիտասարդ գիտական կադրերի պատրաստման ասպարեզում։ Նրա ղեկավարությամբ պաշտպանվել են ավելի քան մեկ տասնյակ թեկնածուական ատենախոսություններ։
Նրա աշխատությունները լույս են տեսել Հայաստանում, ԱՄՆ-ում, Անգլիայում, Ֆրանսիայում, Ռուսաստանում, Վրաստանում, Լիբանանում, Եգիպտոսում, Իրանում, Արգենտինայում հայերեն, ռուսերեն, անգլերեն, ֆրանսերեն, իսպաներեն, վրացերեն, պարսկերեն լեզուներով։
Ա. Մելքոնյանի անխոնջ աշխատանքի շնորհիվ կյանքի է կոչվում արտակարգ պատասխանատու և արժեքավոր այնպիսի մի գործ, ինչպիսին «Հայոց պատմություն» ակադեմիական նոր բազմահատորյակի հրատարակությունն է։ Նրա համահեղինակակցությամբ և խմբագրությամբ լույս են տեսել «Հայոց պատմություն» ակադեմիական բազմահատորյակի II հատորի 2-րդ, III և IV հատորների առաջին գրքերը։
Մեծ գնահատանքի է արժանի նաև Ա. Մելքոնյանի՝ «Հայոց պատմություն» դպրոցական դասագրքերի հրատարակման ուղղությամբ կատարած աշխատանքը։
Ա. Մելքոնյանը պարգևատրվել է բազմաթիվ մրցանակներով, արժանացել է կառավարական բարձր պարգևների և մեդալների։
Պատմագիտության բնագավառում ձեռք բերած ակնառու հաջողությունների համար ՀՀ նախագահի 2003 թ. հոկտեմբերի 8-ի հրամանագրով նա պարգևատրվել է «Մովսես Խորենացի» մեդալով, իսկ 2005 թ., ՀՀ վարչապետի հրամանով՝ «Հայոց ցեղասպանության 90-ամյակի միջոցառումներին ակտիվ մասնակցության համար» մեդալով։ Պարգևատրվել է նաև Երևանի բժշկական, Երևանի պետական և Խ. Աբովյանի անվան մանկավարժական համալսարանների ոսկե մեդալներով:
Աշոտ Մելքոնյանի հեղինակային ջանքերով հայոց ինքնության, ինչպես նաև համայն մարդկության վերածննդի խորհրդանիշ բիբլիական Արարատ լեռը վերաիմաստավորվել ու վերարժևորվել է «Արարատ. Հայոց անմահության խորհուրդը» պատմավավերագրական ֆիլմով (Երևան, 2008) և գիտահանրամատչելի աշխատությամբ (Եր.: «Տիգրան Մեծ», 2008. – 96 էջ + 14 լուսանկար: Տպագրվել է «Թեքեյան կենտրոն» հիմնադրամի հովանավորությամբ):
Ա. Մելքոնյանը 2011 թ. պարգևատրվել է «Ֆրիտյոֆ Նանսեն», «Ակսել Բակունց» ոսկե հուշամեդալներով, ՀՀ Պաշտպանության նախարարության «Գարեգին Նժդեհ» և «Անդրանիկ Օզանյան» մեդալներով, 2013 թ. «ԼՂՀ ազգային ազատագրական պայքարի 25-ամյակի առթիվ» հուշամեդալով:
2014 թ. Ա. Մելքոնյանը ընտրվել է ՀՀ ԳԱԱ ակադեմիկոս։
2015 թ. Ա. Մելքոնյանը պարգևատրվել է Արգիշտի Առաջին հուշամեդալով, իսկ 2018թ.՝ Վաչագան Բարեպաշտ մեդալով: