Ն. Մառի հայագիտական գործունեությունն սկսվում է 1890 թվականից: Պետերբուրգի համալսարանի հայագիտության ամբիոնի վարիչ, պրոֆ. Քերովբե Պատկանյանի մահից հետո, 1891 թ., Մառը նշանակվում է հայագիտության ամբիոնի պրիվատ-դոցենտ: Այդ ժամանակից սկսած ավելի է ծավալվում նրա հայագիտական գործունեությունը: Ստանձնելով պրիվատ-դոցենտի պաշտոն` իր առաջին դասախոսության մեջ, որը վերաբերում էր հայ գրականության ուսումնսիրության հարցերին, Մառը պարզաբանում էր, որ մինչև այժմ Հայաստանի պատմությունը և հայ գրականությունը հարկ եղած չափով չեն ուսումնասիրված: Արևմտաեվրոպական գիտնականները հայ աղբյուրներին դիմում են միայն այն ժամանակ, երբ հարկ է լինում լրացուցիչ տեղեկություններ ստանալ Իրանի, Բյուզանդիայի, արաբների, խաչակիրների, սելջուկների, մոնղոլների վերաբերյալ: Նրանք հաճախ զանց են առնում այդ աղբյուրների նշանակությունը հենց իր` Հայաստանի պատմության համար: Հերքելով և մերժելով եվրոպական գիտնականների ուսումնասիրության այդ մեթոդը, Մառը պահանջում էր, որ հայ գրականությունն ուսումնասիրվի ամենից առաջ Հայաստանի անցյալի պատմության պարզաբանման համար: Այդ նպատակով նա մանրազնին ուսումնասիրության է ենթարկում Եղիշեի, Եզնիկի, Ղազար Փարպեցու, Մխիթար Գոշի գործերը:
1892 թվի ամռանը Մառը երկրորդ անգամ գործուղվում է Հայաստան: Այս անգամ նրան հետաքրքրում են ոչ միայն հին հայկական ձեռագրերը, այլ նաև հնագիտական հուշարձանները և առաջին հերթին միջնադարյան մայրաքաղաք Անին: Հենց այդ ժամանակից էլ նա ձեռնարկում է Հայաստանի միջնադարյան մայրաքաղաքի պեղման աշխատանքներին, որն ընդմիջումներով տևում է ավելի քան 25 տարի:
Մառն Անիի պեղումների ժամանակ երևան հանեց Բագրատունյաց Գագիկ առաջին թագավորի (990-1020) ամբողջական արձանը, որը եզակի ցուցադրանմուշ էր հին և միջնադարյան հայկական արձանների մեջ, ինչպես նաև Գագկաշեն եկեղեցին` Զվարթնոցի հատկագծի ու տեսքի ձևով և «հաստատեց կլոր եկեղեցու գոյությունը հայ ճարտարապետության մեջ» (Հ. Աճառյանը):
Ն. Մառն իր ուշադրությունը կենտրոնացնում է հայկական գրավոր հուշարձանների, հայ հին գրական լեզվի ` գրաբարի ուսումնասիրության վրա: Նա անխոնջ կերպով հավաքում և հետազոտում է այն ամենը, ինչ վերաբերվում են Հայաստանի անցյալի պատմությանը, հայ ժողովրդի մշակույթին: 1890-1900 թվականների ընթացքում Մառի գրած բանասիրական աշխատանքները վերաբերվում էին անցյալ դարի հայագիտության հուզող և վիճելի հարցերին: Մառը, զբաղվելով այդ հարցերով, հիմնավորեց իր նոր տեսակետները:
Անցյալ դարի վերջին հայագիտության ամենահուզող հարցը Մովսես Խորենացուն վերաբերող առեղծվածի լուծումն էր: Եվրոպական արևելագետները (Գուտշմիդա, Կարիեր և ուրիշներ) և նրանց դպրոցին հետևող հայագետները ամեն տեսակ լուտանքներ էին թափում Խորենացու հասցեին և նորանոր փաստեր էին որոնում` նրան նսեմացնելու համար: Ն. Մառը չէր կարող հեռու մնալ հայագիտության այդ կարևոր հարցից, և նա հայագիտական իր գործունեությունն սկսում է Մ. Խորենացուց:
Մառը վերջնականապես հերքում է Կարիերի այն կարծիքը, թե իբր Խորենացին «Հայոց պատմությունը» գրելիս իր ձեռքի տակ չի ունեցել Մար-Աբասի պատմությունը, այլ ինքն է Մար-Աբասը և պատմությունն էլ ինքն է հորինել:
Մառը պնդում էր, որ Խորենացին, արդեն ունեցել է մարաբասյան աղբյուր, որը պահպանված է նաև Սեբեոսի դպրության մեջ: Հետագայում ինքը` Կարիերը ևս համաձայնեց այդ մտքին:
1896 թվականին, երբ Փարիզի թանգարանի ձեռագրերում հայտնվում են Մար-Աբասի ժամանակագրության արաբերեն թարգմանության հատվածները, Մառը «Арабское извлечение из Сирийской хроники Мариабаса» ուսումնասիրության մեջ գրում է. «Այսուհետև… վերջ պիտի դնել Մովսես Խորենացու «Հայոց պատմության» մասին եղած անհիմն տեսություններին»:
Մառը հայ հին պատմիչների գործերում եղած թերությունները բացահայտելով հանդերձ, շատ բարձր էր գնահատում նրանց թողած ժառանգությունը` ոչ միայն Հայաստանի, այլև Կովկասի ու Մերձավոր արևելքի պատմության ուսումնասիրության բնագավառում:
Ն. Մառը իր գիտահետազոտական ողջ գործունեության ընթացքում միշտ էլ բարձր է դասել հայ ժողովրդի ստեղծած դարավոր կուլտուրան: 1923 թ. Փարիզի հայ ուսանողության համար իր կարդացած հայերեն դասախոսության մեջ, հայկական մշակույթի մասին խոսելիս ասում է. «Եվրոպայի վայրենացման դարերին հայ ազգը իր թարգմանություններով հունարենից` անփոխարինելի ծառայություն է մատուցում եվրոպական համամարդկային քաղաքակրթությանը, ոչ միայն պահելով դասական գրականության հիշատակարանները, այլև հունագիտության ամենաեռանդուն ախոյան հանդիսանալով և նպաստելով այդ լեզվի ուսումնասիրությանը Արևելքում և մինչև անգամ Հունաստանում… Ինչ որ արևմտյան կողմից անում էին սպանացիք և իռլանդացիք, նույն բանը արևելյան կողմից արած են հայերը և հարևան ասորիները»:
Սակայն պատմության ընթացքում, Մառը գտնում էր, որ «ասորիներն իրենց կուլտուրական միսիայի զոհ գնացին, անհետ եղան, արաբներ դարձան: Իսկ հայերը շարունակեցին կրթիչ դերը, ազնվացնելով ընկճողների ցեղային տիպը… և բեղմնավորելով նոցա հասարակական կյանքը իրենց շինարար ձեռքերով»:
«Հարևան և մինչև անգամ հեռու ընկած ազգերից որ՞ն է, - միանգամայն իրավացի կերպով նշում է Մառը, - որ օգտված չլիներ հայոց ազգի կուլտուրական բարեմասնություններից, վիպասաններից եկող և աշուղներին հասած երկերից, նրա ճարտարապետական աննման զարգացած արվեստից, նրա այն բացառիկ լեզվագիտական շնորհից, որ թարգմանչական արվեստից ավելի բարձր արվեստ է, գիտության և արվեստի միաձուլումը գեղարվեստի մեջ, որ կատարել է հայ ազգը, որը հին դարաշրջաններում ստեղծած է թարգմանության մի շարք դպրոցներ և տեսակ-տեսակ ոճ ինքնուրույն գրվածքների համար, պատրաստի ճոխ գրական լեզու ժառանգելով ժողովրդական վիպասաններից, նոր դարաշրջանում երկու գրական լեզու մշակելով կենդանի բարբառներից»։
Հնադարյան հայ ժողովուրդը թեև ստեղծել է բարձր կուլտուրա, սքանչելի արվեստ, գրականություն, սակայն ինքը անցյալում երբեք ապահով կյանք չի ունեցել, ընդհակառակը, միշտ էլ հարստահարվել, հալածվել ու հեծել է տիրողների լծի տակ և բռնի կերպով դուրս է քշվել իր հայրենի երկրից:
«Քաղաքացիական և տնտեսական անցքերը,-իրավացիորեն նկատում է Մառը,-քշում էին տեղից-տեղ, աշխարհից այս զարմանալի գեղարվեստորեն և գրականորեն օժտված և կրթիչ ցեղը, որն իր հետ սփռում էր արվեստը, գեղարվեստի ճաշակը և դպրության լույսը, թե հեռու Հյուսիս, Լեհաստանի մեջ ոսկերչության արհեստի զարգացմանը զարկ տալով, թե հեռու Հարավ, Եթովպացոց աշխարհի գրականության շարժմանը մասնակից դառնալով»:
«… Արևելքում հայ մի բուռ ժողովուրդ,-նույն դասախոսության մեջ շարունակում է Մառը,- արհամարված տգիտության բույներում տասնապատիկ ավելի, և ճնշված հարստահարված էր շինարար ձեռքերից օգտվող ազգերի կողմից, երբեմն իր ծննդավայրից Միջերկրական և Սև ծովերից դեն հալածված, այնտեղ էլ կոխան եղծ, իր վերջին կայանի մի անկյունի մեջ հետ մղված և XX դարում այնտեղ էլ դուրս քշված ցիր ու ցան դառնալու սարսափների մատնված, այս «ածու փոքրը»... հայոց ազգը ոչ միյան հաբեթական վիպասանության անդրանիկ ժառանգներից մինը, այլև բոլոր նույն համամարդկային աղբյուրից բխած կուլտուրական ավանդի անդրանիկ ժառանգներից լինելով, նրա ամբողջության հավատարիմ պահողն, ածեցնողն ու առատաձեռն ցանողն էր Արևելքում և Արևմուտքում»:
Հայոց դարավոր շինարարությունը, հայկական մշակույթը Մառը միևնույն ժամանակ լեզվի շինարարություն էր համարում , ոչ միայն հայերի, այլև բոլոր այն ժողովուրդների, որոնք հայ ժողովրդի հետ մտերիմ շինարար հարաբերություներ են ունեցել . «...Ախթամարի վանքը, քանդակագործության հրաշքը, XI դարում քանդված Անիին ինքնավարության եղանակը,- խասինջվությունը, Դվինի և Շահապի վանքի ժողովները, Վարդանանց քաջագործույունները, նրանց նահատակությունը, համաշխարհային առևտրին ծառայող 9 կամարակապ սքանչելի ճարպկությամբ կառուցված կամուրջները մի փոքրիկ գետի, Ախուրյանի վրա և հազար ու մեկ այլ հայոց ազգի կամ ազգայինների ստեղծագործությունները Հայաստանից էլ դուրս ինչ են , եթե ոչ հայոց լեզու, հայկական լեզու»:
Նիկողայոս Մառը տեղյակ է եղել հայ իրականության մեջ կատարվող յուրաքանչյուր կարևոր նշանակություն ունեցող դեպքին, սերտորեն կապված է եղել գրեթե բոլոր հայ հասարակական, գրական գիտական գործիչների հետ: Այդ են ապացուցում այն բազմաթիվ նամակները, որոնք ժամանակին ուղղված են եղել Մառին: Այսպես, Մառի հետ սերտ կապեր են ունեցել և նամակագրություն են պահպանել, հայագետներ՝ Մանուկ Աբեղյանը, Սահակ Ամատունին, Առաքել Բաբախանյանը (Լեոն), Երվանդ Շահազիզը, Գարեգին Զարբհանալյանը, Գալուստ Տեր Մկրտչյանը, Գրիգոր Ղափանցյանը, Կարապետ Կոստանյանը, Ստեփանոս Մալխասյանցը, Հակոբ Մանանդյանը, Հրաչյա Աճառյանը, Հակոբոս Տաշյանը, Նորայր Բյուզնադացին, Ղևոնդ Ալիշանը, Գրիգոր Խալաթյանցը, Նիկողայոս Ադոնցը, Գարեգին Ենգիբարյանը, Գարեգին Լևոնյանը, Երվանդ Տեր Մինասյանը, բանաստեղծներ՝ Հովհաննես Թումանյանը, Վահան Տերյանը, Ավետիք Իսահակյանը, Հովհաննես Հովհաննիսյանը, մանկավարժ Սեդրակ Մանդինյանը, ճարտարապետ Թորոս Թորոմանյանը և շատ ուրիշներ:
Ն. Մառին գրած նամակները միայն անձնական հարցեր չեն շոշափում, նրանց մեջ արծարծված են բազմաթիվ խնդիրներ, որոնք վերաբերում են հայ ժողվրդի ու նրա կուլտուրայի, գիտության, գրականության, արվեստի առօրյային ու ապագա զարգացմանը: Մառին դիմող բոլոր գործիչները երախտագիտությամբ են հիշատակում նրա կատարած դերը` հայ կուլտուրայի, գիտության, գրականության ու լեզվի զարգացման գործում:
Դրանցից հիշենք երկուսը: Ականավոր հայագետ Ղևոնդ Ալիշանը, 1899 թ., Վենետիկից գրում է Մառին. «Հարկ է, որ մեր ազգայինը Ձեզ իրենց ամենէն քաջ ուսումնասիրողաց մեկը համարեն և յարգեն, ինչպես ես ամենայն վստահով, և փափագելով Ձեր առավելագույն յառաջադիմութեամբ ի վաստակս և ի վարքս»: Անվանի բանասեր Նորայր Բյուզանդացին, 1897 թ., Վենետիկից Մառին գրում և այն միտքն է հայտնում, որ Մառի այն բոլոր հայագիտական աշխատությունները, որոնք գրված են ռուսերեն լեզվով, պետք է անհապաղ թարգմանվեն հայերենի: Մեծ Լոռեցին` հանճարեղ բանաստեղծ Հով. Թումանյանը, 1912., հայագիտական ֆոնդ ստեղծելու և այն առաջ մղելու առթիվ Մառին գրում է. «Ինչ խոսք, որ այս ամենի մեջ Դուք լինելու եք գլխավոր դերակատարաը և ես սրտանց ուրախ եմ, որ հայագիտության գործը մեր մեջ հաջողվելու է Ձեր ձեռքով և կապվելու է ընդմիշտ Ձեզ հետ, որ և այնքան վայելուչ ու գեղեցիկ գալիս է Ձեր սիրելի անձնավորությանը, Ձեր գիտության ու հայագիտությանը արած անգնահատելի ծառայություններն և Ձեր պատրաստակամությանն ու հմտությանը»:
Տարիներ շարունակ Մառն իրեն նվիրել է հայ մշակույթի փառավոր անցյալի կոթողներ երևան հանելու, հայերի կատարած դերը աշխարհին ներկայացնելու գործում:
Ն. Յա. Մառի գիտական ժառանգությունն անմահ է:
