Ռուբեն Սաֆրաստյանը ծնվել է 1955 թ.-ին Երևանում։ 1977 թ.-ին ավարտել է Երևանի պետական համալսարանի արևելագիտության ֆակուլտետի թուրքագիտության բաժինը, իսկ 1980 թ.-ին՝ Հայաստանի ԳԱԱ Արևելագիտության ինստիտուտի ասպիրանտուրան (գիտական ղեկավար՝ Հ. Գ. Ինճիկյան)։
1981 թ.-ին աշխատանքի է անցել Հայաստանի ԳԱԱ Արևելագիտության ինստիտուտում, եղել է կրտսեր (1986 թ.), հետագայում՝ ավագ և առաջատար գիտաշխատող, Թուրքիայի ուսումնասիրման գիտական խմբի ղեկավար և Թուրքիայի բաժնի վարիչ։
1983 թ. Ռուբեն Սաֆրաստյանը պաշտպանել է թեկնածուական ատենախոսություն` «Օսմանիզմի դոկտրինան Օսմանյան կայսրության քաղաքական կյանքում (19-րդ դարի 50-70-ական թթ.)», և նրան շնորհվել է պատմական գիտությունների թեկնածուի գիտական աստիճան։ Նույն թվականից նա համատեղության կարգով գիտամանկավարժական աշխատանք է տարել Երևանի բարձրագույն ուսումնական հաստատություններում (Երևանի պետական համալսարան, Հայկական մանկավարժական համալսարան, Գեղարվեստա-թատերական ինստիտուտ, Հ. Աճառյան համալսարան, ՀՀ ԳԱԱ Գիտակրթական միջազգային կենտրոն)։
1988-1991 թթ. եղել է Հայաստանի ԳԱԱ Սփյուռքի ուսումնասիրման բաժնի վարիչի տեղակալի պաշտոնակատար։
Ունի նաև պետական կառավարման բարձրագույն մարմիններում քաղաքագետ-վերլուծաբանի աշխատանքի փորձառություն. 1991-1992 թթ.-ին եղել է Հայաստանի Գերագույն խորհրդի` միջազգային հարաբերությունների գծով ավագ փորձագետ, 1992-1996 թթ.-ին՝ ՀՀ նախագահի աշխատակազմի վերլուծական բաժնի վարիչի տեղակալ։ Մասնակցել է ՀՀ արտաքին քաղաքականության հիմնադրույթների մշակման աշխատանքներին և բանակցային գործընթացներին։ 1996-1997 թթ.-ին վարել է դիվանագիտական աշխատանք Գերմանիայում՝ եղել է Բոննում ՀՀ դեսպանատան խորհրդական։
Ռուբեն Սաֆրաստյանը 1999 թ.-ին հաղթել է գիտական աշխարհում մեծ հեղինակություն վայելող Հումբոլդտի անվան (Գերմանիա) միջազգային գիտական մրցույթում և մեկ տարի հետազոտական աշխատանք է կատարել Գերմանիայի Բոխում քաղաքի համալսարանում։ 2001 թ.-ին նա հաղթել է նաև Ֆուլբրայթի անվան (ԱՄՆ) Միջազգային գիտական մրցույթում և մեկ տարի գիտական պրպտումներ է կատարել Կալիֆորնիայի Բըրքլի համալսարանում։ Իսկ 2002 թ.-ին հաղթել է Կենտրոնական եվրոպական համալսարանի (Բուդապեշտ, Հունգարիա) կողմից հայտարարված միջազգային քաղաքականության ուսումնասիրման գիտական մրցույթում և մեկ տարի գիտական ուսումնասիրություններ է կատարել նույն համալսարանի Քաղաքականության ուսումնասիրման կենտրոնում։ Նրա աշխատանքը արտերկրի առաջատար համալսարաններում նպաստել է հայրենական արևելագիտության հեղինակության բարձրացմանը։
Ռ. Սաֆրաստյանի աշխատությունները բազմիցս օգտագործվում ու հղվում են արտերկրի մասնագետների աշխատություններում՝ ապահովելով նրան միանգամայն վաստակած բարձր միջազգային գիտական համարում։
Ռ. Սաֆրաստյանը մի շարք հեղինակավոր միջազգային գիտական ընկերությունների ու կազմակերպությունների անդամ է։ Դրանցից են Կանադայի Վանկուվեր քաղաքի Նոր Վեստմինստերյան քոլեջը, որի պատվավոր ավագ անդամ է Ռ. Սաֆրաստյանը, «Մերձավոր Արևելքի ուսումնասիրման հյուսիսամերիկյան ասոցացիա»-ն, «Մերձավոր Արևելքի գերմանական աշխատանքային ընկերակցություն»-ը, «Միջազգայնագիտական հետազոտությունների համաշխարհային ասոցացիա»-ն և այլն։
Նա նաև միջազգային գիտական պարբերականների խմբագրական խորհուրդների անդամ է։ Դրանցից կարելի նշել. “Asiatica: Труды по философии и культурам Востока” (СПб госуниверситет), “Россия и новые государства Евразии” (ИМЭМО РАН), Sociology and Anthropology: International Peer-Reviewed Journal, (Horizon Research Publishing, Alhambra, USA)։
2006 թ.-ին Ռ. Սաֆրաստյանը մրցութային կարգով ընտրվել է ՀՀ ԳԱԱ Արևելագիտության ինստիտուտի տնօրեն։
Գիտական ու գիտակազմակերպչական բեղմնավոր գործունեության համար 2008 թ.-ին Ռ. Սաֆրաստյանը պարգևատրվել է «Մովսես Խորենացի» մեդալով։
2009 թ. պաշտպանել է դոկտորական ատենախոսություն՝ «Ցեղասպանության ծրագրի ծագումնաբանությունը Օսմանյան կայսրությունում (1876-1920 թթ.)», և նրան շնորհվել է պատմական գիտությունների դոկտորի գիտական աստիճան։
2010 թ.-ին Ռ. Սաֆրաստյանը պարգևատրվել է ՀՀ Պաշտպանության նախարարության «Գարեգին Նժդեհ» մեդալով, 2013 թ.-ին՝ ՀՀ Ազգային ժողովի Պատվոգրով։
Ռուբեն Սաֆրաստյանը ՀՀ ԳԱԱ Արևելագիտության ինստիտուտում գործող գիտական աստիճաններ շնորհող ԲՈՀ-ի 006 «Համաշխարհային պատմություն» մասնագիտական խորհրդի նախագահն է։ Օժտված լինելով գիտական ղեկավարին անհրաժեշտ համբերատարության, նրբանկատության, պահանջկոտության և պատասխանատվության ամենաբարձր զգացումով՝ նա ղեկավարել և ղեկավարում է տասնյակ ասպիրանտների գիտահետազոտական աշխատանքներ։
Նա նաև ՀՀ նախագահին կից Հանրային խորհրդի անդամ է, Կրոնի, սփյուռքի և միջազգային ինտեգրման հանձնաժողովի նախագահ։
Նա ուրույն ներդրում ունի Հայաստանում այնպիսի հիմնարար գիտական ուղղության բնագավառում, ինչպիսին է թուրքագիտությունը։ Նրա գործունյա ղեկավարության շնորհիվ ՀՀ ԳԱԱ Արևելագիտության ինստիտուտը Հայաստանում իր արժանի տեղն է զբաղեցնում գիտության բնագավառում։
Ռուբեն Սաֆրաստյանը ներկայացրել է հայրենական գիտությունը աշխարհի տասնյակից ավելի երկրներում, զեկուցումներով հանդես գալով միջազգային գիտաժողովներում։ Նա բազմիցս աշխարհասփյուռ հայ համայնքների կողմից հրավիրվել է հրապարակային դասախոսություններ կարդալու Հայոց մեծ եղեռնի գիտական ուսումնասիրման հրատապ խնդիրների վերաբերյալ։
Ռուբեն Սաֆրաստյանը հիմնադիրն ու գիտական խմբագիրն է «Թյուրքագիտական և օսմանագիտական հետազոտություններ» գիտական մատենաշարի, որն առաջին մասնագիտացված թուրքագիտական պարբերականն է մեզանում և արդեն ձեռք է բերել լայն միջազգային ճանաչում։ Նա հիմնադրել և խմբագրում է «Ժամանակակից Եվրասիա» գիտական պարբերականը։
Նա հեղինակել է հարյուրից ավելի գիտական աշխատություններ, որոնք նվիրված են Թուրքիայի նոր և նորագույն պատմության և արտաքին քաղաքականության, ինչպես նաև Հայոց ցեղասպանության ուսումնասիրման հարցերին։ Այդ աշխատություններն ունեն առաջնակարգ գիտական նշանակություն և խոշոր ներդրում են արևելագիտության բնագավառում։
Հատկապես արժեքավոր է «Օսմանյան կայսրություն. ցեղասպանության ծրագրի ծագումնաբանությունը (1876-1920 թթ.)» մենագրությունը։ Այստեղ հեղինակը հայ և համաշխարհային պատմագրության մեջ առաջին անգամ Հայոց ցեղասպանությունը քննում է թուրք էթնոսի գոյատևման կենսափիլիսոփայության համատեքստում, անում հետաքրքիր և ուսանելի հիմնավոր եզրակացություններ։ Փաստավավերագրական ծավալուն ու բազմաբնույթ նյութի հիման վրա, որը մեկնաբանվում է ժամանակակից համեմատական ցեղասպանագիտության տեսական հիմնական դրույթների տեսանկյունից, գրքում պարզաբանվում են բազմազգ ու բազմադավան Օսմանյան պետությունում ցեղասպանության առաջին ծրագրի ծագումնաբանության նախադրյալներն ու ընթացքը, ինչպես նաև ծրագրի ընդունման հանգամանքներն ու նրա կառուցվածքը։ Նա առաջարկում է գիտական հետազոտման նոր մեթոդ, որն անվանում է համեմատական-կառուցվածքային։ Մենագրությունում ստացված արդյունքները փայլուն կերպով հանգուցալուծում են վաստակաշատ արևելագետ Ռ. Սաֆրաստյանի կողմից տարիների ընթացքում կատարված վիթխարի հետազոտական աշխատանքը։ Դրանք խիստ արժեքավոր և արդիական են նաև հայ-թուքական միջպետական բանակցային գործընթացի ժամանակ մեր երկրի դիվանագիտական դիրքերը գիտականորեն ավելի խորը հիմնավորելու տեսանկյունից։
Ցեղասպանության թեմային են նվիրված նաև Ռ. Սաֆրաստյանի մենագրությունները անգլերեն՝ “Ottoman Empire: The Genesis of the Program of Genocide (1876-1920), Yerevan, 2011 և ֆրանսերեն լեզուներով ՝ Empire Ottoman: la genèse du programme de génocide (1876-1920), Erévan, 2012, ինչպես նաև ՝ Les programmes du génocide dans I'Empire Ottoman, 2ème edition revue et corrigé, Erévan, 2013։ Այստեղ նա հաջողությամբ խորացնում և զարգացնում է իր մոտեցումները՝ մատչելի դարձնելով դրանք արտասահմանցի ընթերցողների համար։ Այս աշխատությունները առաջնակարգ նշանակություն ունեցող ներդրում են ցեղասպանագիտության բնագավառում։
Ռուբեն Սաֆրաստյանի գրչին է պատկանում նաև մեկ այլ արժեքավոր մենագրություն՝ ,,Доктрина османизма в политической жизни Османской империи” (50-70 гг. XIX в. ) «Օսմանիզմի դոկտրինան Օսմանյան կայսրության քաղաքական կյանքում (19-րդ դարի 50-70-ական թթ.)» ռուսերեն։ Այս գրքում առաջին անգամ հայրենական և արտասահմանյան թուրքագիտական գրականության մեջ հանգամանալի ուսումնասիրվում է «նոր օսմանցիների» ընդդիմադիր շարժման քաղաքական գաղափարախոսության շրջանակներում ձևակերպված «օսմանյան համայնքի» և «օսմանյան հայրենիքի» հայեցակարգերի, ինչպես նաև իրական քաղաքական գործընթացներում նրանց արտացոլման հարցը։ Մենագրության հիմնական եզրահանգումն առ այն, որ 19-րդ դարի 50-70-ական թթ.-ին Օսմանյան կայսրությունում իրականացված քաղաքականությունը քրիստոնյա հպատակների նկատմամբ ոչ թե ձգտում էր ապահովել նրանց իրավական հավասարությունը կայսրության մուսուլման ժողովուրդների հետ, ինչպես այդ մասին գրում են թուրք պատմաբանները, այլ նպատակ էր հետապնդում ճնշել նրանց ազգային-ազատագրական շարժումը նոր, ավելի «նուրբ» միջոցներով, ունի կարևոր գիտական նշանակություն։ Այն բազմիցս գրախոսվել է և մեզանում, և արտերկրում՝ ստանալով բարձր գնահատական։ Ռուսաստանի Դաշնության մի շարք համալսարաններում այն ներգրավված է ուսանողների պարտադիր ընթերցանության ցանկում։
Վերը նշված մենագրությունները վկայում են, որ Ռուբեն Սաֆրաստյանը հանդիսանում է Օսմանյան կայսրության պատմության նոր շրջանի լավագույն մասնագետը Հայաստանում և ունի լայն միջազգային ճանաչում։
Ռուբեն Սաֆրաստյանը հեղինակ է նաև մի շարք արժեքավոր հոդվածների, որոնց մի մասը հրատարակվել է արտերկրում ռուսերեն, անգլերեն, գերմաներեն, թուրքերեն, բուլղարերեն լեզուներով։
Ռուբեն Սաֆրաստյանի նախաձեռնությամբ ՀՀ ԳԱԱ Արևելագիտության ինստիտուտը հրատարակել է իր նախադեպը չունեցող և Հայաստանի համար խիստ աժեքավոր մի աշխատություն՝ «Հայաստանի հարակից երկրների պատմություն» քառահատորյակը։
2014 թ.-ին նրա խմբագրությամբ և հեղինակությամբ լույս տեսավ նաև «Թուրքիայի Հանրապետության պատմություն» հույժ կարևոր աշխատությունը, որը նմանատիպ առաջին բուհական դասագիրքն է Հայաստանում։
2014 թ. դեկտեմբերին 27-ին, ՀՀ ԳԱԱ ընդհանուր ժողովի որոշմամբ, Ռուբեն Սաֆրաստյանը ընտրվել է ակադեմիկոս՝ «Արևելագիտություն» մասնագիտության գծով։
2017թ.-ի հունվարին պաշտոնավարման ժամկետի ավարտի կապակցությամբ դադարեցվել են Ռ. Սաֆրաստյանի՝ ՀՀ ԳԱԱ Արևելագիտության ինստիտուտի տնօրենի լիազորությունները, և վերջինս նշանակվել է տնօրենի ժամանակավոր պաշտոնակատար։
2017թ. մարտին Ռ. Սաֆրաստյանը մրցույթով վերընտրվել է ՀՀ ԳԱԱ Արևելագիտության ինստիտուտի տնօրենի պաշտոնում։
Նա բարեխիղճ գիտնական է և ցուցաբերել է նաև գիտության կազմակերպչի փայլուն հատկանիշներ, ինչի շնորհիվ ՀՀ ԳԱԱ Արևելագիտության ինստիտուտը արձանագրել է նոր գիտական նվաճումներ և վայելում է մեծ հեղինակություն ինչպես Հայաստանում, այնպես էլ արտերկրում։
Նա շարունակողն է արևելագետներ Սաֆրաստյանների գերդաստանի (Արամ և Արշակ Սաֆրաստյաններ) գիտական գործունեության ավանդույթների։