Ռուբեն Սաֆրաստյանը ծնվել է 1955 թ.-ի հոկտեմբերի 10-ին, Երևանում։ 1977 թ.-ին ավարտել է Երևանի պետական համալսարանի արևելագիտության ֆակուլտետի թուրքագիտության բաժինը։
1980 թ. ավարտել է Հայաստանի ԳԱԱ Արևելագիտության ինստիտուտի ասպիրանտուրան (գիտական ղեկավար՝ Հ. Գ. Ինճիկյան)։
1981 թ. աշխատանքի է անցել Հայաստանի ԳԱԱ Արևելագիտության ինստիտուտում, եղել է կրտսեր, հետագայում՝ ավագ և առաջատար գիտաշխատող, Թուրքիայի ուսումնասիրման գիտական խմբի ղեկավար և Թուրքիայի բաժնի վարիչ։
1983 թ. պաշտպանել է թեկնածուական ատենախոսություն` «Օսմանիզմի դոկտրինան Օսմանյան կայսրության քաղաքական կյանքում (19-րդ դարի 50-70-ական թթ.)», և նրան շնորհվել է պատմական գիտությունների թեկնածուի գիտական աստիճան։
1988-1991 թթ. եղել է Հայաստանի ԳԱԱ Սփյուռքի ուսումնասիրման բաժնի վարիչի տեղակալի պաշտոնակատար։ 1992 թ. Ռ. Սաֆրաստյանին շնորհվել է դոցենտի գիտական կոչում։ 1991-1992 թթ. եղել է Հայաստանի Գերագույն խորհրդի՝ միջազգային հարաբերությունների գծով ավագ փորձագետ։
1992-1996 թթ. եղել է ՀՀ նախագահի աշխատակազմի վերլուծական բաժնի վարիչի տեղակալ, մասնակցել է ՀՀ արտաքին քաղաքականության հիմնադրույթների մշակման աշխատանքներին և բանակցային գործընթացներին։
1996-1997 թթ. վարել է դիվանագիտական աշխատանք Գերմանիայում՝ եղել է Բոննում ՀՀ դեսպանատան խորհրդական։
1999 թ. հաղթել է գիտական աշխարհում մեծ հեղինակություն վայելող Հումբոլդտի անվան (Գերմանիա) միջազգային գիտական մրցույթում և մեկ տարի հետազոտական աշխատանք է կատարել Գերմանիայի Բոխում քաղաքի համալսարանում։ 2001 թ. հաղթել է Ֆուլբրայթի անվան (ԱՄՆ) Միջազգային գիտական մրցույթում և մեկ տարի գիտական պրպտումներ է կատարել Կալիֆորնիայի Բըրքլի համալսարանում։
2002 թ. հաղթել է Կենտրոնական եվրոպական համալսարանի (Բուդապեշտ, Հունգարիա) կողմից հայտարարված միջազգային քաղաքականության ուսումնասիրման գիտական մրցույթում և մեկ տարի գիտական ուսումնասիրություններ է կատարել նույն համալսարանի Քաղաքականության ուսումնասիրման կենտրոնում։
2006 թ. մրցութային կարգով ընտրվել է ՀՀ ԳԱԱ Արևելագիտության ինստիտուտի տնօրեն։
2007 թ. Ռ. Սաֆրաստյանին շնորհվել է պրոֆեսորի գիտական կոչում։
2008 թ. Ռ. Սաֆրաստյանը պարգևատրվել է «Մովսես Խորենացի» մեդալով։
2009 թ. պաշտպանել է դոկտորական ատենախոսություն՝ «Ցեղասպանության ծրագրի ծագումնաբանությունը Օսմանյան կայսրությունում (1876-1920 թթ.)», և նրան շնորհվել է պատմական գիտությունների դոկտորի գիտական աստիճան։
2010 թ. պարգևատրվել է ՀՀ Պաշտպանության նախարարության «Գարեգին Նժդեհ» մեդալով։
2011 թ. մրցույթով վերընտրվել է ՀՀ ԳԱԱ Արևելագիտության ինստիտուտի տնօրենի պաշտոնում։
2013 թ. պարգևատրվել է ՀՀ Ազգային ժողովի Պատվոգրով։
2014 թ. ընտրվել է ՀՀ ԳԱԱ ակադեմիկոս «Արևելագիտություն» մասնագիտության գծով։
2017 թ. հունվարին նշանակվել է ՀՀ ԳԱԱ Արևելագիտության ինստիտուտի տնօրենի ժամանակավոր պաշտոնակատար։
2017թ. մարտին մրցույթով վերընտրվել է ՀՀ ԳԱԱ Արևելագիտության ինստիտուտի տնօրենի պաշտոնում։